Activitat

Els principals objectius de la Unitat són els següents:

• Donar suport científic-tecnològic  a projectes d’ investigació d’ alt nivell en el camp de la Proteòmica d’acord amb els formats estàndars internacionals.
• Assessorament integral a l’investigador, des de la planificació i disseny experimental del projecte fins l’ execució, processament de mostres, interpretació de resultats i suport en la presentació i escriptura de resultats per la seva publicació.
• Actualitzar la cartera de serveis ofertats incorporant les tècniques més modernes i segons la demanda dels investigadors
• Difusió i formació d’ investigadors sobre la metodologia i les aplicacions de les tècniques ofertades
• Participar en estructures i consorcis nacionals i internacionals que afavoreixin la optimització de les tècniques proteòmiques, l’ actualització tecnològica i instrumental, i l’ estandardització, validació i utilització de controls de qualitat.
• Participar en projectes I+D competitius.

Equipament del servei

1. Amazon Speed ETD Ion trap (Bruker) acoblat a nano-HPLC Proxeon II: Sistema de cromatografia nano acoblada a la trampa iònica que funciona amb una interfície nano-ESI (electrospray). Aquest equip s’utilitza per realitzar anàlisis de MS i MSn (LC-MS, LC-MSMS) per identificar proteïnes de mostres de complexitat mitjana-alta (bandes gel 1D, IPs, extractes nuclears, cel.lulars.....). Aquest masses també disposa de fragmentació complementaria de tipus ETD (electron transfer dissotiation) molt útil per caracteritzar modificacions posttraduccionals que no sempre es detecten amb la fragmentació convencional CID (collission induced dissotiation). També es poden fer estudis quantitatius de proteòmica diferencial (comparació perfil proteòmic de diferents mostres).

2. UltraXTreme MALDI TOF-TOF (Bruker): Espectròmetre de masses amb analitzador de temps de vol (TOF: time of flight) i ionització de mostra assistida per matriu (MALDI: matrix assisted-laser desorption ionization). Aquest equip s’utilitza per realitzar anàlisis de MS i MSMS per identificar mostres senzilles (spots de gels 2D, bandes de gels de proteïnes pures) i per mesurar la massa intacte de proteïnes senceres. Amb combinació amb el sistema de nano-HPLC i espotejador Proxeon II es poden analitzar mostres de complexitat mitjana així com realitzar estudis de proteòmica diferencial per iTRAQ.

3. IPGPHOR3, PAGE EttanDaltSix, Typhoon FLA9500, Spot Picker Ettan (GE) Sistema complert d’electroforesis bidimensional (2D) que permet realitzar estudis de proteòmica quantitativa basada en el marcatge fluorescent i posterior separació de proteïnes en gel, DIGE (differential in gel electrophoresis). Les imatges dels gels s’analitzen mitjançant un software especific (Decyder, GE) i els “spots” diferencials s’identifiquen mitjançant espectrometria de masses 

4. Biacore T200 (GE): Equip amb tecnologia SPR (Surface Plasmon Resonance)   que permet caracteritzar i analitzar interaccions biomoleculars entre proteïnes i altres molècules. Es poden determinar paràmetres cinètics (constants d’associació i dissociació), afinitat d’unió, o determinació de concentració d’analit en temps real i sense necessitat de marcatge. Existeixen diferents possibilitats d’unió o captura del lligand (chip) a la qual s’unirà la segona molècula a estudiar (analit). 

Serveis ofertats

Anàlisis de Massa molecular de proteïnes i pèptids (MS-MALDI TOF)

Identificació de proteïnes

Identificació de proteïnes per MALDI-TOF o LC-MALDI Identificació de proteïnes per LC-MS/MS (<5 proteïnes, gradient curt)

Identificació de proteïnes LC-MS/MS

Identificació de proteïnes mostres complexes

Electroforesis2

2D Electroforesis

Proteòmica Diferencial

2D-DIGE

iTRAQ labelling

Proteòmica dirigida MRM (col·laboració amb Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

Identificació de modificacions posttraduccionals

Enriquiment en fosfopèptids (IMAC, TiO2)

Anàlisi de modificacions per LC-MSMS fragmentació CID/ETD

Eines Bioinformàtiques

Anàlisi d’ Imatges gels 2D i 2D-DIGE

Anàlisi de dades  MS-MSMS

Interaccions Bimoleculars

Afinitat, Binding, Cinètiques 

Per altres tècniques o aproximacions consulteu al personal de la Unitat.